Действие происходит через 12000 лет после событий манги «Акварион: Крылья Небес». Человечество находится под угрозой нового врага из другого измерения, называемого Похитители. Чтобы защититься от них, была создана организация «Нео-ДИВА», где подростки учатся пилотировать гигантские машины, называемые «Аквария». Однако, общение между подростками разных полов запрещено. Но правильно ли это?..